一、 遠離病源
腸病毒可經由胎盤垂直傳染給胎兒，故孕婦在生產前應加強防護措施，避免產前感染。預防之道首重避免接觸感染者及、勤洗手及戴口罩，平時養成良好的個人衛生習慣，注意居家環境的衛生、清潔及通風，尤其是家中有孕產婦或新生兒時，更應加強防護措施。在腸病毒流行季節，建議準媽媽們，避免出入人潮擁
擠和空氣不流通的公共場所，同時應密切注意自身及家中其他同住家人健康狀況，尤其是孕婦於產前14 天至分娩後，若同住家人有出現發燒或疑似腸病毒感染症狀，應主動告知醫師，並採取適當隔離與個人防護措施，以降低感染風險。
二、 孕產婦感染腸病毒時
孕產婦感染腸病毒並不需要考慮停止懷孕，只需確實按時程產前檢查即可。當產婦得到腸病毒感染時，可推知其新生兒亦無該型腸病毒抗體，可能併發高死亡率的新生兒腸病毒敗血症。產婦疑似腸病毒感染症狀緩解前，在醫療院所內應與新生兒隔離，不採母嬰同室，也不宜接觸新生兒，以降低新生兒暴露風險。同時應密切監測新生兒是否出現疑似感染腸病毒症狀，當出現體溫不穩（過高或過低）、嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力、餵食不佳、持續嘔吐、呼吸急促或呼吸暫停、或心跳加快或過緩等重症前兆病徵，請立即送往醫院接受治療，以爭取黃金救治時間、降低新生兒重症與死亡風險。
三、 哺乳媽媽疑似感染腸病毒時
(一) 針對母親疑似感染腸病毒時的母乳哺餵建議，已於114 年6月19 日經專家會議進行廣泛討論，並參酌依據兒科醫學會32及兒童感染症醫學會建議，除了母子間的親密接觸可能傳染腸病毒之外，曾有少數病例報告提出於母乳中檢測出腸病毒33, 34，尤其是當母親感染腸病毒後處於病毒血症較高的時期，
但是否為傳染途徑尚無明確定論。因此，建議對新生兒、未滿三個月具高風險因子（如早產等）之嬰兒，授乳母親若有腸病毒感染之虞，建議就醫與醫師討論最佳哺乳方案，可考慮暫緩哺餵母乳，過程中協助母親維持泌乳，待疾病康復後可恢復母乳哺育。
(二) 對於有疑似傳染病症狀（如發燒、腹瀉、呼吸道症狀）的媽媽，建議與新生兒隔離，不宜親密接觸。
(三) 在接觸或哺育新生兒前均應確實洗淨雙手，注意個人衛生。
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節錄自新生兒腸病毒臨床處置建議，衛生福利部疾病管制署 114/ 6修訂
