兒童醫院尚未設置獨立之小兒神經外科之前，本院有關神經外科之醫療與教學服務，由中國醫藥大學附設醫院神經外科支援與協助。
兒童神經外科專責十八歲以下之神經外科腦部與脊椎之手術。我們除引進內視鏡第三腦室造口術治療水腦症外，對小兒腦瘤、各種腦部先天畸型、水腦症、顱顏畸型、早產兒腦部手術、各種腦內視鏡手術，都有最高品質之醫療服務 。
2008 年本院兒童醫學中心開始營運，更將小兒神經外科之手術照護品質提升至國際水準。
本院兒童神經外科疾病範圍，亦包括先天性中樞神經系統疾病（如腦膨出、脊柱裂、顱顏畸形等）、腦血管疾病（如動靜脈畸形）、癲癇外科手術、以及腦性痲痹手術（如選擇性脊神經背根切開手術）等。
