兒童癌症以白血病為主，其次為腦瘤、淋巴癌、腹部腫瘤（神經母細胞瘤、威姆氏瘤、肝母細胞癌）、橫紋肌肉瘤，生殖細胞瘤等。
- 整合醫療國際機構
兒癌全人照護專業團隊奠基於精確的診斷，以及各次專科團隊所訂立的嚴密治療計畫，包含克服合併症風險、療程控制、兒童造血幹細胞移植/骨髓移植/臍帶血移植掌控、人性化的照護、個案管理等。依據各醫療專長的應用成立了整合型中心：地中海貧血診療中心、血液幹細胞移植中心、血友病治療與教育訓練中心、質子中心。整合各次專科團隊，如兒童肝膽腸胃科、醫學遺傳暨兒童新陳代謝內分泌科、兒童青少年心智科、兒童心臟科等，提供全人的整體醫療服務與照顧。
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- 專屬病房兼顧學習
兒童醫療大樓六樓為專屬的兒童癌症和血液病房，並設有骨髓移植無菌室和床邊教學巡迴輔導教室，提供癌童安全隱密的住院空間，兼顧持續學習與同儕交流的受教育權益。
- 經驗豐富治癒率高
「惡性腫瘤」為兒童非意外死亡首因。兒癌團隊多年努力下，最常見的兒童急性淋巴性白血病(ALL)治癒率達80~90%；居於第三的兒童淋巴瘤(Lymphoma)治癒率達80%，對於最難治療的神經母細胞癌，更高達72.2%的治癒率(全球治癒率約50%)，兒癌與大人癌症種類不同，預後也不同，本院兒癌的平均治癒率約有70-80%。
- 幹細胞研究引領國際
兒童血液腫瘤科致力幹細胞治療，搭配自體或異體骨髓幹細胞移植，治療成果深受國內外肯定。使用DLI細胞免疫療法預防血癌骨髓移植後的復發；完成數例困難親屬不完全吻合的造血幹細胞移植和臍帶血移植，更創下全台最早進行「間質幹細胞」移植成功的案例。同時研究臍帶血幹細胞治療缺氧缺血性新生兒腦症降低腦性麻痺的發生率，目標為台灣第一間用臍帶血幹細胞來治療新生兒缺氧缺血性腦症的醫學中心。
- 地中海型貧血達國際水準
地中海貧血症重型病人，科內提供標準的輸血與排鐵治療外，從產前檢查諮詢，到胎兒子宮內輸血搶救治療與骨髓移植治療重型地中海貧血等，皆是國內領先地位。
- 血友病治療全人整合照護
各類出血疾病的治療結合兒童血液腫瘤科、放射科、復健科、牙科與骨科醫師提供全人整合照護；每年舉辦演講更新醫療資訊與治療觀念，未來將引入基因治療來治癒血友病。
兒童癌症治療的首要目標是提升治癒率，其次是降低治療後所造成的副作用，精準醫學在NGS及大數據的解析下，臨床上已能使用「次世代基因定序檢測法」來提高正確診斷，給予早期治療。在急性淋巴性血癌方面，本科目前使用最先進的一種免疫療法－雙特異性T細胞銜接抗體（BiTE）療法，使得過去化學藥物無法有效控制的血癌，明顯的得到緩解。另外，規劃中的質子治療能降低傳統放射線治療對正常組織的傷害，減少副作用，將能嘉惠中部地區的兒童癌症患者。
