中醫兒科早在隋唐時期太醫署即設立「少小科」，將其獨立分科顯示小兒有其生理、病理特點，生長發育及病情反應均與成人有別，不能僅僅認為小兒是成人的縮影。由於小兒對臨床病症表達的侷限，因此小兒科又被稱為「啞科」，愈加凸顯兒科獨立分科的重要性。
中國附醫創立初始即設立中醫兒科，除了研習傳統典籍外，並整合現代醫學的理念，互補所長，造福病患。
由於現今台灣患有過敏疾病之兒童人數與日俱增，最常見之過敏疾病為過敏性鼻炎、異位性皮膚炎、氣喘。
本科之重點發展項目之一為過敏疾病之診治及預防，運用中醫理論指導用藥及日常保健，建立小兒氣喘優質門診，提供氣喘兒在緩解期持續扶正固本，調節過敏體質。
另一重點發展項目為兒童生長發育調理，包含生長遲緩、性早熟等。現今生活條件相較過去已大幅改善，但又有著塑化劑、食品添加物、化學添加物等隱憂，性早熟現象越來越普遍。應如何正確協助小朋友轉骨？如何避免性早熟？傳遞相關正確醫學知識，是本科致力之目標。
在病房會診方面，本科著重於兒童癌症之調理。配合中醫健保腫瘤輔助計畫，透過中藥之使用，協助患童改善機體狀況，有利於手術或化放療進行，或緩解化放療副作用，鞏固療效，提高生存率。
本院中醫兒科將持續致力於臨床醫學的提升及教學傳承，並藉由與國內外醫院的交流與學術研討，與培訓兼具中西醫臨床知識之醫師，期許中國醫藥大學附設醫院中醫兒科成為世界級中醫兒科臨床及學術重鎮。
